Ярославская таможня была создана в 1990 году приказом Главного Управления Государственного таможенного контроля при Совете министров СССР № 233. С момента создания Ярославской таможни в её состав вошли Костромской и Ивановский таможенные посты, а штатная численность составляла всего 13 человек. При этом регионом деятельности таможни стали три области – Костромская, Ивановская и Ярославская.
В 1992 году после создания на базе Костромского и Ивановского таможенных постов отдельных таможен, регионом деятельности Ярославской таможни стала только Ярославская область.
Однако в ноябре 2012 года в результате проведения оптимизации организационно-штатной структуры Центрального таможенного управления регион деятельности Ярославской таможни был вновь расширен и в него вошла Костромская область.
Сегодня таможенное оформление и таможенный контроль внешнеторговых операций участников внешнеэкономической деятельности и физических лиц проводится на шести таможенных постах: Ново-Ярославском, Рыбинском, Ярославском, Костромском, Шарьинском и Ярославском таможенном посту (центре электронного декларирования). Общая площадь региона деятельности Ярославской таможни составляет более 96,4 тысячи квадратных километров, что сопоставимо по площади с территорией таких иностранных государств, как, например, Португалия, Ирландия или Австрия, при этом каждый из таможенных постов имеет регион деятельности в границах своих административных районов.
В то же время регионом деятельности Центра электронного декларирования, успешно функционирующего с декабря 2012 года, является весь Центральный федеральный округ.
За годы своей деятельности значительно увеличился и коллектив таможни. В настоящее время здесь трудится 298 квалифицированных специалистов.
В регионе деятельности Ярославской таможни функционирует воздушный пункт пропуска через государственную границу Российской Федерации – международный аэропорт Ярославль (Туношна).
Для удобства участников внешнеэкономической деятельности работают 7 складов временного хранения, в том числе 1 открытого и 6 закрытого типа, 23 постоянные зоны таможенного контроля.
В юбилейный для Федеральной таможенной службы России год ярославские таможенники подошли к своему празднику с неплохими результатами. В текущем году экспортно-импортные операции в регионе деятельности Ярославской таможни совершают 525 участников внешнеэкономической деятельности, при этом торговые отношения осуществляются с 85 странами мира. С начала 2016 года оформлено около 26 тысяч деклараций на товары, перечислено в доходную часть федерального бюджета 8,5 млрд. рублей, суммарный объем товарооборота составил 1,18 млрд. долларов США.
С целью ускорения процесса таможенного оформления, повышения эффективности таможенного контроля и создания благоприятных условий для участников внешнеэкономической деятельности ярославские таможенники широко используют такие передовые таможенные технологии, как электронное декларирование товаров, автоматическая регистрация деклараций на товары, автоматический, удаленный выпуск товаров, технологию предварительного таможенного декларирования товаров и другие.
Двадцать шесть лет работы ведомства показали, что ярославские таможенники успешно выполняют свои функции, уверенно смотрят в будущее и не собираются останавливаться на достигнутом, надежно защищая экономическую безопасность и суверенитет нашего государства, являясь надёжным форпостом Федеральной таможенной службы России на Верхней Волге.
Основные праздничные мероприятия, посвященные Дню образования таможни, состоятся 21 октября в преддверии профессионального праздника – Дня таможенника Российской Федерации, который будет отмечаться 25 октября.